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草地生态学研究方面：加强草地生态系统受损与退化机理及其恢复重建的研究，天然草地改良及人工草地建设，发挥“3S”技术和宏观生态学优势，进一步充实和完善对草地动态的监测功能等。

微生物及基因工程研究方面：重点开展抗病毒基因工程、河套蜜瓜保鲜、基因工程产品、疫苗以及其他分子生物学的研究工作。

方天祺教授和哈斯阿古拉教授领导的课题组， 自1994年以来，通过转ACC合成酶反义基因和ACC氧化酶反义基因，培育出转基因耐贮藏河套蜜瓜高代新品系，成功地解决了我区特产甜瓜—河套蜜瓜的储藏保鲜难题。这一成果通过了自治区科技成果鉴定，目前正在进行大田试验和转基因生物的安全性评价。

动物生殖生物学及生物技术研究方面：加强哺乳动物受精生物学、生殖生物学、胚胎工程、细胞工程、基因工程、哺乳动物种质资源的生物技术保存等研究，尤其家畜体外受精与胚胎移植技术、家畜核与体细胞克隆技术及转基因动物研究以及IVF-ET技术的开发、产业化、国外良种规模化引进与生态适应性研究。

“九五”期间我院共承担和完成了国家科技公关项目和国家自然科学基金重大、重点、面上及省部级科研项目153项，其中承担国家级项目７4项、“863”、“973”计划项目4项；国家“九五”公关项目2项，共获资助经费1419万元。同时还承担国家计委工业性试验项目一项（1000万元），国家火炬计划项目一项（700万元），自治区牲畜业“种子工程”项目一项（200万元）,共获得资助1900万元。