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内蒙古大学微生物学学科创建于1957年建校伊始，1973年开始招收微生物学专业本科和专科学生，1983年开始在植物专业中招收植物病毒方向的硕士研究生，1990年经国务院学术委员会批准获得硕士学位授予权，1994年被评为自治区重点学科，2003年获批博士学位授权。2021年成立微生物学与微生物工程系。

微生物学与微生物工程系现有教职工21人，其中教授（研究员）6人、副教授（副研究员）7人，具有高级职称教师占教学科研人员总数的62%；具有博士学位教师20人，占教学科研人员总数的95%；现有博士生导师6人、硕士生导师15人。有国家杰出青年科学基金项目获得者1人，内蒙古自治区“草原英才”工程人选2人。

微生物学与微生物工程系现有自治区教育厅工程研究中心和生物安全P2实验室。近三年，获准各类科学研究项目27项，其中国家重大重点项目（含课题、子课题）3项、国家自然科学基金项目8项，自治区重大重点项目4项，自治区其他项目3项，获准科研经费3205.62万元。发表学术论文38篇，其中JCR一区论文7篇，其他SCI论文25篇。参与开发新兽药5种，制定行业标准3项，授权国家发明专利3项、实用新型专利1 项。

微生物学与微生物工程系从自治区发展战略需求出发，凝练了原有研究方向，主要从事动物病原微生物及防控技术、微生物资源挖掘与利用、应用微生物与酶工程等三个领域的研究工作。

（1）动物病原微生物及防控技术

针对制约自治区草原生态畜牧业高质量发展的重要动物疫病防治、人畜共患疾病防控的需求，开展病原生物学、病原体与宿主的相互作用、感染与宿主免疫，病原微生物鉴定、检测、药物及新型疫苗研制工作。开展动物疫病流行病学调查与病原学监测，分离鉴定常见疫病病原体和流行株，建立地区疫病流行毒株数据库和种毒库，监测由内蒙古边境自蒙古、俄罗斯等国家传入我国的外来毒株，明确病原时空分布，解析疫情发生发展规律；研究病原体分子遗传衍化和致病力，分析抗原性变异，开展病原感染和免疫机制研究，阐明病原体体内增殖调控和宿主免疫应答机制；研制高通量、快速特异性诊断方法；开展疫苗研制理论与技术研究工作，提升疫苗安全性、效力和质量稳定性等性能，创制新型高效疫苗产品。

（2）微生物资源挖掘与利用

紧紧围绕自治区草地农牧业发展需要，开展我区特色微生物资源的收集、鉴定、保藏、评价和重要基因资源与代谢产物的挖掘与利用。开展肠道微生物资源、土壤微生物资源、生防微生物资源、牧草加工微生物资源、乳品微生物资源、区域优势工业微生物资源的收集、鉴定、保藏、评价；研究重要微生物的生态分布、群体遗传、遗传变异、系统组学等生物学特性，挖掘具有特殊用途的微生物资源；发掘具有特殊用途微生物的功能基因，对重要功能基因进行改造和利用；对重要微生物进行代谢组学分析，确定有用代谢产物，并进行挖掘与利用。

（3）应用微生物与酶工程

针对自治区微生物工业发展需求，开展微生物制药、微生物能源转化、微生物环境修复及微生物来源生物活性物质利用等方面的研究工作。以自治区优良工业微生物资源为来源，采用代谢工程、分子育种和基因编辑技术等现代生物技术对菌株进行遗传改造，获得优质高产微生物菌株；筛选并构建木质纤维素降解酶工程菌株，解析木质纤维素降解酶对底物的作用机制；筛选固氮、解磷、解钾微生物高效菌株，改善土壤中植物有效养分的供应；筛选土壤修复高效菌株，开发盐碱地土壤改良及矿区土壤生态修复技术。